Als Freie Schulen haben die Waldorfschulen die hierarchisch organisierte Außenlenkung der staatlichen Schulen durch eine freiheitliche Verfassung ersetzt. Die Selbstverwaltung erfolgt durch Eltern und Lehrer gemeinsam und stellt ein sehr zukunftsorientiertes soziales Erfahrungsfeld dar.
Die pädagogische Leitung wird von der Lehrerkonferenz wahrgenommen, an der alle Lehrerinnen und Lehrer gleichberechtigt mitwirken. Das Bemühen um das Verständnis des Menschen, seiner Lebensgesetze und um Fortentwicklung der Pädagogik auf der Basis der anthroposophischen Geisteswissenschaft bildet die gemeinsame Grundlage.

Die Jean-Paul-Schule, die Tagesgruppe und der Kindergarten arbeiten als eigenständige Betriebsteile mit selbst entwickelten Leitungsstrukturen und Gehaltsregelungen. Übergreifende Organe der Selbstverwaltung sind der Trägerkreis und der Wirtschaftskreis. Beide Gremien setzen sich aus Elternvertreterinnen und -vertretern, aus Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern von Schule, Tagesgruppe und Kindergarten zusammen.
Der Trägerkreis ist zugleich Vorstand im Sinne des Vereinsrechts. Als Organ des Vereins Jean-Paul-Schule ist er neben der Wahrnehmung der Rechtsaufsicht (Arbeitsrecht, Bauanträge, u. a.) vor allem mit der Koordination der Tätigkeiten der einzelnen Betriebsteile beauftragt.
Der Wirtschaftskreis setzt sich ebenfalls aus Vertreterinnen und Vertretern der Elternschaft und den Betriebsteilen zusammen. Seine Aufgaben liegen im Gestalten der finanziellen Belange des Vereins (Gehaltsordnung in Abstimmung mit der Mitarbeiterschaft, Bauvorhaben, laufende Finanzen, u. a.) und in der Beratung und Kontrolle der Verwaltung. Die Mitglieder dieser Gremien werden von der Elternschaft und den Betriebsteilen delegiert.

Die Organisation der Schule wird durch die Selbstverwaltung geregelt.
Dabei bestimmt die regelmäßige, verpflichtende Konferenzarbeit sowohl die pädagogische Arbeit als auch die Leitungsarbeit. Es wird unterschieden in Schulleitungskonferenz, Pädagogische Konferenz, Kinderkonferenz, Klassenkonferenz, Werkstufenkonferenz, Unter- und Mittelstufenkonferenz, Therapeutenkonferenz und Technisch-organisatorische Konferenz.